村上事務所ブログ

令和6年度改正により、イノベーション拠点税制（イノベーションボックス税制）が創設され、2月1日より経済産業省と一般社団法人ソフトウェア協会において申請受付が開始されました。

イノベーション拠点税制とは

イノベーションに関する国際競争が激化する中、研究開発拠点としての立地競争力を強化し、民間による無形資産投資を後押しすることを目的として、特許権・AI関連のプログラム等の知的財産からから生じる所得（ライセンス料・譲渡益）に対して、日本国内で支出した研究開発費の割合を乗じた額の30％に相当する金額を所得控除する制度です。
適用期間は、2025年4月1日から2032年3月31日までの間に開始する各事業年度です。
対象となる知的財産は、青色申告法人が、2024年4月1日以後に取得・制作した、特許権やAI関連のプログラムの著作物が対象となります。

■経済産業省
イノベーション拠点税制（イノベーションボックス税制）について
https://www.meti.go.jp/policy/tech_promotion/tax/about_innovation_tax.html

ちなみに、2000年代から欧州各国で導入が開始され、最近ではインド・シンガポール・香港等のアジア諸国でも導入が検討されているようです。

イノベーション拠点税制のメリット

イノベーション拠点税制の本質は、日本で生み出した知財で利益を出す会社を税制で支援するというものです。

特に、AI関連技術を自社開発している会社や特許で収益を上げている会社には大きな利点があります。
以下に主なメリットを紹介します。

■法人税の負担軽減
対象となる特許やAIプログラムから得た利益の一部を、所得から差し引ける制度なため、その分、法人税が減ります。

■利益（成果）が出てから効く
研究開発は費用ベースですが、イノベーション拠点税制は利益（成果）ベースなので、成果が大きい会社ほど恩恵も大きくなります。

■知的財産の保有を戦略的に考えられる
特許やAIプログラムをどう管理するか、どこで開発するか、誰にライセンスするかなど、税務面からも戦略設計できます。

■日本に研究拠点を置くインセンティブになる
欧州では一般的である制度を、日本も同様に導入したことで、国際的な税制競争力アップが期待できます。
研究開発を日本で行うと有利なので、海外企業の日本進出の呼び水になる可能性もあります。

具体的にAI関連とは

「AI関連」と認められるには、官民データ活用推進基本法上の人工知能関連技術を活用したものを指します。

【例】
自社でAI技術を開発したプログラム→対象
他社のAIを使って画面だけ作った→対象外

また、AI関連であることを証明するためには、下記のように、一般社団法人ソフトウェア協会と経産省（経産大臣）の両方の確認・証明を受けることが必要となります。
この両方の証明書（コピー）を、法人税の申告時に添付します。

① 一般社団法人ソフトウェア協会の証明を取る
注意点：1件あたり5万円（税別）の審査料が必要になる予定
② その後、経済産業省の証明を取る
注意点：事業年度末日の「60日前～30日後」までにGビズFormで申請する

インボイス登録をしたことで消費税を納めることになった個人事業主の方は、2025年（令和7年）分の申告でも「2割特例」というお得な計算ルールを使える可能性があります。
ただし、「2年前（令和5年）の課税売上高が1,000万円以下であること」が条件です。
この判定方法に注意が必要です。

混在する免税事業者の期間と課税事業者の期間

個人事業主が、令和7年分の消費税で「2割特例」を使うには、基準期間である令和5年の売上（課税売上高）が1,000万円以下であることが条件です。

ここで注意したいのが、令和5年10月1日からインボイス発行事業者になった人の場合です。
この人は、令和5年の中で
・1月1日～9月30日：免税事業者だった期間
・10月1日～12月31日：課税事業者になった期間
という 2つの立場が混ざっています。

■免税期間の売上も「判定には含まれる」

免税事業者の期間中は、実際には消費税を納めません。
でも、「課税売上高がいくらあったか」を見るときは話が別です。

基準期間（令和5年）の課税売上高が1,000万円以下かどうかを判定するときは、
・免税事業者だった期間の課税売上高
・課税事業者になってからの課税売上高
この 両方を合計します。
つまり、この合計した結果が1,000万円以上になった場合、免税事業者だった期間があったとしても、と令和7年分で2割特例は適用できません。

そもそも2割特例とは

2割特例とは、インボイス制度をきっかけに、免税事業者から課税事業者になった人の負担を軽くするための制度です。

対  象  者: インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者になった個人事業主や法人
対象期間：令和5年10月1日～令和8年9月30日
内　　容：納める消費税を「課税売上高にかかる消費税の2割」とすることができる
適用条件：基準期間の課税売上高が1,000万円以下など

■国税庁
2割特例特設ページ
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/invoice_2tokurei.htm

なお、2割特例は2026年（令和8年）分で終了する予定ですが、個人事業者に対し、その後2年間「3割特例（課税売上高にかかる消費税の3割を納める）」という新しいルールが設けられる方針です。

「空き家特例（空き家に係る譲渡所得の特別控除）」は、一定の条件を満たせば、空き家やその土地を売ったときの利益から最大3,000万円まで税金の計算上差し引ける制度です。
この特例を使うための条件のひとつに、売買金額（譲渡の対価の額）が1億円以下であることがあります。

ここでいう「売買金額」は、単に契約書に書かれている金額だけではありません。
たとえば、空き家を売るときに「家の取り壊し費用を買主が負担する」という形にした場合でも、その取り壊し費用は、本来は売主が負担するものと考えられます。そのため、税金の計算では、その取り壊し費用も売買金額に含めて考えることになります。

空き家特例とその目的

空き家特例とは、相続によって取得した、一定の要件を満たす空き家を売却した際、利益から最大3,000万円を控除できる制度です。
特例を受けるためには、いくつかの厳しい要件がありますが、適用されれば大きな節税効果を得られます。

また、相続によって発生した空き家の売却を促すことで、全国で増加する空き家問題の解消と、それに伴う地域環境の保全を図ることも期待されています。

■空き家問題とは？
・経済成長によって建てられた家が、少子高齢化のために住む人がいなくなり次々と空き家となっている
・放置された空き家は、火災や倒壊の危険や、景観の悪化、公衆衛生上の問題などを引き起こし、周辺地域の不動産価値の低下を招いている

こうした問題の解決策のひとつとして、空き家特例が創設されました。

売買金額には買主による取り壊し費用も含まれるようになった

空き家特例は、相続などで取得した、昭和56年5月31日以前に建てられた住宅やその土地を、令和9年12月31日までに売却した場合などに使えます。
土地だけを売る場合は、原則として売主が家を取り壊してから売る必要がありましたが、令和6年1月1日以降は制度が変わり、買主が家を取り壊すケースでも特例の対象になりました。

ただし、この制度改正があっても、「売買金額に何を含めるか」という考え方自体は変わっていません。
つまり、買主が負担した取り壊し費用であっても、売買金額に含めて1億円以下かどうかを判断する必要があります。

なお、空き家特例を使って確定申告をする場合は、
・売買金額（取り壊し費用を含めて1億円以下であること）
がわかる資料として、売買契約書のコピーなどを申告書に添付して提出します。